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熒光原位雜交是在放射性原位雜交技術基礎上發展起來的一種非放射性分子生物學和細胞遺傳學結合的新技術，是一種重要的非放射性原位雜交技術，原理是利用報告分子（如生物素、地高辛等）標記核酸探針，然后將探針與染色體或DNA纖維切片上的靶DNA雜交，若兩者同源互補，即可形成靶DNA與核酸探針的雜交體。此時可利用該報告分子與熒光素標記的特異親和素之間的免疫化學反應，經熒光檢測體系在鏡下對待DNA進行定性、定量或相對定位分析。
目前被廣泛應用于染色體畸變。如非整倍體、染色體重組。其基本流程包括探針標記、探針的變性、樣本變性、雜交和熒光信號采集。